Historia naszej szkoły rozpoczęła się 13 marca 1999 roku, kiedy zgodnie z założeniami nowej reformy oświaty, Rada Miejska w Pasymiu powołała Publiczne Gimnazjum w Pasymiu. Pierwszym dyrektorem, któremu powierzono trudne zadanie organizowania nowej placówki został mgr Bohdan Ślaski.
Pierwszego września 1999 roku pierwszy rocznik gimnazjalistów pod opieką 13 nauczycieli rozpoczął naukę w szkole, którą „gościnnie przygarnęła” Szkoła Podstawowa mieszcząca się wówczas przy ulicy Ogrodowej 1.
Zgodnie z założeniami wspomnianej już reformy oświaty od września 2001 roku szkoły podstawowe i gimnazja nie mogły funkcjonować w jednym budynku jako zespoły, dlatego też Zarząd Miasta zakupił 3 sierpnia 1999 roku budynek dawnego spichrza z przeznaczeniem adaptacyjnym na gimnazjum. Projekt zakładał przystosowanie budynku oraz budowę sali gimnastycznej i boisk. W styczniu 2001 roku rozpoczęły się roboty budowlane. W ciągu siedmiu miesięcy zrujnowany magazyn został przekształcony w efektowny obiekt przyciągający wzrok .
Oficjalne otwarcie obiektu nastąpiło w sobotę 1 września 2001 roku. Dokonał go ówczesny burmistrz Wiesław Nosowicz. Akademię przygotowaną przez uczniów i nauczycieli gimnazjum uświetnili swoją obecnością m.in. senator Paweł Abramski, przedstawicielka Kuratorium Oświaty w Olsztynie Krystyna Sobolewska oraz starosta szczycieński Kacper Zimny.
W nowym budynku naukę rozpoczęło 282 uczniów pod opieką 25 pedagogów.
Nowy budynek zachwycał jasnymi pracowniami, przestronnymi korytarzami, stołówką. Gorzej przedstawiało się wyposażenie pracowni w pomoce dydaktyczne, również sala gimnastyczna i boiska pozostały w sferze projektu.
W 2002 roku rozpoczęto budowę hali sportowej, którą ukończono trzy lata później. Jest to obiekt pełnowymiarowy, dobrze wyposażony, posiada rozbudowane trybuny, do dzisiaj służy nie tylko młodzieży szkolnej ale także mieszkańcom Pasymia.
Od 2007 roku, dzięki udziałowi w licznych projektach m. in. „Razem w przyszłość”, „Mały Archimedes”, „Znasz-li ten kraj? – Klub Młodego Reportera”, „Nowe możliwości – lepszy start w życie”, nasze pracownie wzbogaciły się w nowoczesny sprzęt. Obecnie w każdej pracowni jest komputer, rzutnik multimedialny, w wielu klasach są tablice multimedialne. Dumę budzą równie nowocześnie wyposażone pracownie językowe a w szkolnej bibliotece Centrum Informacji Multimedialnej.
W ciągu szesnastoletniego istnienia Publicznego Gimnazjum w Pasymiu zmieniała się kadra pedagogiczna i dyrektorzy. W 2004 roku przeszedł na zasłużoną emeryturę mgr Bohdan Ślaski , do marca 2005 roku obowiązki dyrektora pełnił dotychczasowy wicedyrektor mgr Jarosław Nosowicz. W marcu konkurs na dyrektora wygrała mgr Lidia Masłowska. Od 1 września 2009 roku do sierpnia 2015 roku szkołą kierował mgr Kamil Dadura.
W lutym 2015 Rada Miasta i Gminy Pasym podjęła Uchwałę o rozwiązaniu Zespołu Szkół Publiczne Gimnazjum w Pasymiu.
1 września 2015 roku rozpoczął pracę, powołany w kwietniu przez Radę Miasta i Gminy Pasym Zespół Szkół, w skład którego wchodzą Szkoła Podstawowa im. Wojciecha Kętrzyńskiego i Gimnazjum. Funkcję dyrektora Zespołu Szkół pełni mgr Elżbieta Dyrda.
Opracowała: Maria Ładanaj